Různé metody sterilizace se vybírají na základě různých výkonů endoskopických nástrojů a jejich součástí a také na základě příslušných informací poskytnutých výrobcem nástroje. ,
1. Vysokotlaká parní sterilizace: Všechny endoskopické chirurgické nástroje, které lze autoklávovat, by měly být sterilizovány vysokotlakem.
2. Ethylenoxid: Ethylenoxid má silnou sterilizační schopnost, širokou sterilizaci, nepoškozuje předměty a má silnou penetrační schopnost. Pro sterilizaci endoskopických čoček, kamer, paprsků světelných zdrojů, elektrokoagulačních drátů apod. není vhodné používat vysokotlakou páru. Vše lze touto metodou sterilizovat.
3. 2% namáčení glutaraldehydem: používá se pro ponornou sterilizaci endoskopických nástrojů. Je třeba namočit po dobu 10 hodin. Během namáčení musí být klouby nástroje otevřeny a lumen musí být naplněn namáčecí tekutinou. Zbývající léčivý roztok je nutné před použitím opakovaně vypláchnout sterilní vodou.
4. Sterilizace lékařským sterilizátorem.
